非淋菌性尿道炎是一种多病因的综合征，病原体多为衣原体、支原体、滴虫、疱疹病毒、念珠菌等。30%～50%的非淋菌性尿道炎与沙眼衣原体有关非淋菌性尿道炎，20%～30%为解脲支原体感染，10%由阴道毛滴虫、白色念珠菌、单纯疱疹病毒、生殖支原体、腺病毒和杆菌等微生物引起。

衣原体和支原体对外环境抵抗力较弱，加热56度，5～10分钟可将其杀死，常用消毒剂如福尔马林、来苏尔、石碳酸等也极易将其杀死。